Real Madrid

Juanfran memasuki skuad senior Real Madrid pada 24 Januari 2004 dengan bermain selama 15 minit ketika menang 2-1 ke atas Villarreal CF. Juanfran dipinjam ke Espanyol untuk musim 2005-06.[1] Beliau menjaringkan gol pertamanya untuk Espanyol pada 22 Mac 2006 ketika seri 1–1 menentang Athletic Bilbao. Beliau memulakan kerjayanya di posisi sayap.

Osasuna

Juanfran menandatangani CA Osasuna dengan bayaran sebanyak €10 juta dan menandatangani kontrak empat tahun. Beliau membuat debut untuk Osasuna pada 24 September 2006 menentang Celta de Vigo. Beliau menjaringkan gol kedua untuk Osasuna pada perlawanan itu dan Osasuna menang 2-0. Beliau telah bermain sembilan perlawanan dan menjaringkan satu gol pada musim pertamanya bersama Osasuna.[2]

Pada musim 2008-09, beliau menjaringkan gol dari jarak 30 meter ketika menang 2-1 ke atas bekas kelabnya, Real Madrid pada 31 Mei 2009.[3] Pada musim berikutnya, Osasuna kelihatan teruk selepas menduduki tempat ke-12 liga dan Juanfran hanya menjaringkan empat gol.

Atlético Madrid

Pada 11 Januari 2011, Juanfran menandatangani Atlético Madrid sehingga Jun 2015 dengan bayaran sebanyak €4 juta.[4] Beliau membuat debut untuk Colchoneros dua hari kemudian, tewas 3-1 kepada Real Madrid pada perlawanan Copa del Rey.

Juanfran menjaringkan gol pertamanya untuk Atlético pada 21 Mei 2011, ketika menang tipis 4–3 ke atas Mallorca. Perlawanan itu merupakan perlawanan terakhir kempen liga 2010-11.[5] Pada musim 2011-12, beliau bermain di posisi pertahanan yang diuruskan oleh pengurus baru, Diego Simeone. Pada 24 Mei 2014, Juanfran bermain 120 minit ketika perlawanan akhir Liga Juara-Juara UEFA 2013-14 di mana Atletico tewas 4-1 kepada Real Madrid di Estádio da Luz.[6] Sebulan kemudian, beliau melanjutkan kontraknya sehingga 2018.